Дали лабораторную в которой нужно прогнать определенную строку символов и при определенном условии изменить определенные символы, так вот возникла проблема с изменением символов, не совсем понимаю как это можно осуществить в java.
Нет, нельзя. Можно только создать новую строку и убрать ссылки на старую (сборщик мусора потом удалит строку без ссылок).